Cụ thể, theo kết luận của cơ quan điều tra, trong số đó 27 bị can, có 7 người là cựu lãnh đạo và nhân viên của Bộ Tài nguyên và Môi trường (TN&MT) cùng Sở TN&MT tỉnh Yên Bái bị truy tố với tội danh "Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí".
Trong số các bị can bị đề nghị truy tố có ông Nguyễn Linh Ngọc , cựu Thứ trưởng Bộ TN&MT; Nguyễn Văn Thuấn , cựu Tổng cục trưởng Tổng cục Địa chất và Khoáng sản; Hoàng Văn Khoa, cựu Vụ trưởng Vụ Khoáng sản; Hồ Đức Hợp, cựu Giám đốc Sở TN&MT tỉnh Yên Bái.
Bị can Nguyễn Linh Ngọc, (bìa trái hàng trên) Nguyễn Văn Thuấn (bìa phải hàng trên) cùng các bị can khác. Ảnh: Bộ Công an.
Bị can Đoàn Văn Huấn (Chủ tịch Công ty Thái Dương ) bị đề nghị truy tố về 3 tội danh: "Vi phạm quy định về thăm dò, khai thác tài nguyên", "Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng", và "Gây ô nhiễm môi trường".
Kết luận điều tra cho biết, Công ty Thái Dương được Bộ TN&MT cấp phép thăm dò đất hiếm tại mỏ Yên Phú từ năm 2009. Tuy nhiên, khi công ty này nộp hồ sơ xin khai thác quặng đất hiếm vào năm 2011, hồ sơ chưa được phê duyệt. Theo chỉ thị của Thủ tướng Chính phủ vào năm 2012, yêu cầu khai thác khoáng sản phải đi đôi với chế biến sâu. Công ty Thái Dương phải lập dự án đầu tư chế biến sâu đất hiếm, trình các cơ quan có thẩm quyền thẩm định và xin ý kiến Chính phủ.
Sau khi Bộ Công thương thẩm định và báo cáo Thủ tướng Chính phủ về tính khả thi của dự án chế biến sâu, Chính phủ đã giao Bộ TN&MT tiếp tục thẩm định và cấp phép cho Công ty Thái Dương. Tuy nhiên, khi cấp phép vào tháng 6/2013, hồ sơ xin cấp phép của Công ty Thái Dương chỉ có giấy chứng nhận đầu tư dự án khai thác quặng do UBND tỉnh Yên Bái cấp năm 2011, đã hết hạn từ năm 2012. Bên cạnh đó, công ty này không đảm bảo vốn chủ sở hữu tối thiểu 30% tổng số vốn đầu tư, vi phạm quy định của Luật Khoáng sản năm 2010.
Mặc dù nhận thức được công ty không đủ điều kiện, cựu Thứ trưởng Nguyễn Linh Ngọc vẫn ký giấy phép cho Công ty Thái Dương. Ông Ngọc khai rằng mình đã nghiên cứu tờ trình của Tổng cục Địa chất và Khoáng sản, nhưng vẫn ký duyệt giấy phép. Cựu Thứ trưởng này thừa nhận hành vi của mình là một trong những nguyên nhân dẫn đến việc công ty khai thác đất hiếm trái phép, gây thất thoát hơn 864 tỷ đồng.
Ngoài ra, bị can Nguyễn Văn Thuấn cũng khai rằng trong quá trình giúp Công ty Thái Dương xin cấp phép, ông đã nhận 500 triệu đồng từ Đoàn Văn Huấn, và sau khi vụ án được khởi tố, đã nộp lại số tiền này cho cơ quan điều tra.