Tại dự thảo Nghị định sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 29 quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Bộ Tài chính , bộ này trình Chính phủ cho phép tiếp tục kiện toàn bộ máy.
Bộ Tài chính đề xuất hợp nhất Vụ Ngân sách Nhà nước và Vụ Tổng hợp Kinh tế Quốc dân, thành Vụ Kinh tế và Ngân sách Nhà nước. Chức năng nhiệm vụ của hai vụ này có nhiều nội dung tương đồng, đều liên quan đến cân đối, phân bổ, điều hành ngân sách nhà nước và huy động nguồn lực tài chính - ngân sách phục vụ phát triển kinh tế - xã hội. Việc hợp nhất được kỳ vọng sẽ nâng cao hiệu quả tham mưu chiến lược, tránh chồng chéo, đồng thời tinh gọn đầu mối.
Sau khi sắp xếp, Bộ Tài chính sẽ có 34 đơn vị trực thuộc.
Bộ cũng kiến nghị tách chức năng thẩm định và giám sát đầu tư ra khỏi Vụ Đầu tư , để thành lập Vụ Giám sát và Thẩm định đầu tư, giữ lại tên gọi như trước khi sáp nhập Bộ Tài chính và Bộ Kế hoạch và Đầu tư. Vụ Đầu tư có 10 lãnh đạo vụ, 12 lãnh đạo phòng, tổng biên chế 94 người.
Theo phương án dự kiến, Vụ Giám sát và Thẩm định đầu tư sẽ có 25 biên chế công chức, nhân sự được bố trí từ Vụ Đầu tư hiện nay hoặc điều động từ các đơn vị khác.
Phần còn lại của Vụ Đầu tư sẽ được kiện toàn chức năng nhiệm vụ và đổi tên thành Vụ Phát triển Hạ tầng, với 56 biên chế công chức. Cơ cấu tổ chức dự kiến gồm 3 phòng nghiệp vụ: Phòng Quản lý tài chính PPP và các chương trình; Phòng Hạ tầng xây dựng và chuyển đổi số; Phòng Thanh toán, quyết toán và hạ tầng đô thị.
Bên cạnh đó, Bộ Tài chính đề xuất bổ sung nhiệm vụ thanh tra cho Ủy ban Chứng khoán Nhà nước
Sau khi kết thúc hoạt động của Thanh tra Bộ Tài chính , Bộ sẽ thành lập đơn vị cấp phòng để tham mưu giải quyết khiếu nại, tố cáo, phòng chống tham nhũng tiêu cực, thực hành tiết kiệm chống lãng phí, và các công tác khác. Trong đó, 1 phòng thuộc Văn phòng Bộ và 1 phòng thuộc Vụ Pháp chế sẽ tiếp nhận nhiệm vụ này.
Bộ Tài chính cũng kiến nghị tách chức năng bồi dưỡng công chức, viên chức ra khỏi Học viện Chính sách và Phát triển, để thành lập Trường Bồi dưỡng cán bộ Kinh tế - Tài chính, là đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Bộ. Sau khi sắp xếp, Học viện Chính sách và Phát triển sẽ được đưa ra khỏi danh mục quy định tại Nghị định và chuyển sang quản lý theo quyết định riêng của Thủ tướng Chính phủ.
Sau khi sắp xếp, Bộ Tài chính sẽ có 34 đơn vị trực thuộc , trong đó Bảo hiểm Xã hội Việt Nam là đơn vị đặc thù. Số lượng đầu mối vụ, cục và tương đương thuộc Bộ Tài chính không thay đổi, nhưng giảm 16 đơn vị cấp tỉnh, khu vực so với quy định hiện hành.