Thông tư có hiệu lực từ ngày 1/7. Trong trường hợp có sự thay đổi về các văn bản quy phạm pháp luật liên quan, việc thực hiện sẽ căn cứ theo các văn bản sửa đổi, bổ sung mới nhất.
Thông tư số 40/2025/TT-BCT xác lập hai nhóm chủ thể có thẩm quyền thực hiện cấp các loại C/O, Văn bản chấp thuận là Cục Xuất nhập khẩu (Bộ Công Thương) và các tổ chức được UBND cấp tỉnh giao nhiệm vụ. Cả hai nhóm chủ thể này đều có trách nhiệm cấp khi đáp ứng đầy đủ điều kiện về đội ngũ nhân lực, cơ sở vật chất, tài khoản thu phí, và hạ tầng số phục vụ hệ thống quản lý và cấp chứng nhận điện tử eCoSys.
Một điểm đáng chú ý của Thông tư là quy trình cấp C/O và Văn bản chấp thuận sẽ được thực hiện qua Hệ thống eCoSys tại địa chỉ www.ecosys.gov.vn - hệ thống do Cục Thương mại điện tử và Kinh tế số quản lý hạ tầng kỹ thuật.
Bên cạnh đó, Thông tư số 40/2025/TT-BCT cũng quy định rõ trách nhiệm của UBND cấp tỉnh, tổ chức được UBND giao nhiệm vụ và đơn vị thuộc Bộ Công Thương.
Theo đó, UBND cấp tỉnh được yêu cầu tổ chức triển khai công tác cấp C/O trong vòng 90 ngày kể từ ngày Thông tư có hiệu lực. Đồng thời, UBND cấp tỉnh có trách nhiệm công bố công khai thông tin, giám sát và xử lý vi phạm (nếu có) trong quá trình thực hiện.
Cũng theo quy định tại Thông tư, các tổ chức được UBND cấp tỉnh giao nhiệm vụ cấp C/O và Văn bản chấp thuận có trách nhiệm thực hiện quy trình, thủ tục cấp theo quy định pháp luật về xuất xứ hàng hóa, bảo đảm nguyên tắc công khai, minh bạch, cải cách hành chính và tạo thuận lợi; tiếp nhận và giải quyết kiến nghị, vướng mắc của thương nhân đề nghị cấp C/O và Văn bản chấp thuận.
Bên cạnh đó, các tổ chức được UBND cấp tỉnh giao nhiệm vụ cũng có trách nhiệm theo dõi, hướng dẫn thương nhân đề nghị cấp C/O và Văn bản chấp thuận thực hiện đúng theo quy định pháp luật về xuất xứ hàng hóa; đồng thời, báo cáo định kỳ lên Cục Xuất nhập khẩu và UBND cấp tỉnh về tình hình cấp và thu phí chứng nhận xuất xứ hàng hóa theo quy định tại Phụ lục IV.
Về phía các đơn vị thuộc Bộ Công Thương, Cục Xuất nhập khẩu chịu trách nhiệm xây dựng nội dung chương trình đào tạo, tập huấn về xuất xứ hàng hóa; chủ trì, phối hợp với cơ quan có thẩm quyền, đơn vị liên quan kiểm tra định kỳ hoặc đột xuất cơ quan, tổ chức cấp C/O và Văn bản chấp thuận. Cục Thương mại điện tử và Kinh tế số chịu trách nhiệm Quản lý hạ tầng kỹ thuật của Hệ thống eCoSys, kết nối và truyền dữ liệu C/O điện tử từ Hệ thống sang Cổng Thông tin một cửa quốc gia của Việt Nam.