Theo nội dung doanh nghiệp phản ánh, do năm 2025 có doanh thu trên 50 tỷ đồng nên năm 2026 doanh nghiệp thuộc diện phải khai thuế GTGT theo tháng. Tuy nhiên, đến ngày 20/4/2026 doanh nghiệp lại thực hiện khai theo quý.
Sau đó, doanh nghiệp tự phát hiện việc khai thuế chưa đúng quy định và đã nộp lại các tờ khai theo tháng của tháng 1, tháng 2 và tháng 3/2026.
Doanh nghiệp cho biết đã tham khảo Nghị định 373/2025/NĐ-CP có hiệu lực từ ngày 14/2/2026, trong đó tại điểm c khoản 2 Điều 1 có quy định:
“Người nộp thuế không bị xử phạt vi phạm hành chính về chậm nộp hồ sơ khai thuế đối với hồ sơ khai thuế của các kỳ tính thuế phải nộp lại do thay đổi kỳ tính thuế. Hồ sơ khai thuế các tháng đã nộp lại được xác định là hồ sơ thay thế cho hồ sơ khai thuế theo quý đã nộp”.
Từ đó, doanh nghiệp đặt câu hỏi liệu trường hợp của mình có bị xử phạt hay không?
Trả lời nội dung này, Thuế cơ sở 2 TP.HCM dẫn khoản 1 Điều 9 Nghị định 126/2020/NĐ-CP quy định tiêu chí khai thuế GTGT theo quý.
Theo đó, người nộp thuế thuộc diện khai thuế GTGT theo tháng nếu có tổng doanh thu bán hàng hóa và cung cấp dịch vụ của năm trước liền kề từ 50 tỷ đồng trở xuống thì được khai thuế theo quý. Trường hợp doanh thu vượt ngưỡng này thì phải thực hiện khai thuế theo tháng.
Cơ quan thuế đồng thời dẫn Điều 1 Nghị định 373/2025/NĐ-CP sửa đổi, bổ sung Điều 9 Nghị định 126/2020/NĐ-CP.
Trong đó, khoản 3 quy định trường hợp người nộp thuế đã khai thuế theo quý nhưng không đủ điều kiện khai theo quý thì phải thực hiện khai thuế theo tháng kể từ tháng đầu của quý tiếp theo, nộp lại hồ sơ khai thuế theo tháng của các quý trước đó và tính tiền chậm nộp theo quy định.
Đáng chú ý, quy định cũng nêu rõ: “Người nộp thuế không bị xử phạt vi phạm hành chính về chậm nộp hồ sơ khai thuế đối với hồ sơ khai thuế của các kỳ tính thuế phải nộp lại do thay đổi kỳ tính thuế”.
Theo Thuế cơ sở 2 Thành phố Hồ Chí Minh, căn cứ quy định nêu trên, doanh nghiệp có trách nhiệm tự xác định thuộc đối tượng khai thuế theo quý hay theo tháng để thực hiện khai thuế đúng quy định.
Đối với trường hợp được phản ánh, doanh nghiệp thuộc diện phải khai thuế GTGT theo tháng trong năm 2026 do doanh thu năm 2025 trên 50 tỷ đồng nhưng lại kê khai theo quý trong 3 tháng đầu năm 2026.
“Trong trường hợp doanh nghiệp tự phát hiện không đủ điều kiện khai thuế theo quý thì doanh nghiệp phải thực hiện khai thuế theo tháng kể từ tháng đầu của quý tiếp theo, nộp lại hồ sơ khai thuế theo tháng của quý trước đó và tính tiền chậm nộp theo quy định”, cơ quan thuế nêu.
Tuy nhiên, Thuế cơ sở 2 TP.HCM cũng khẳng định doanh nghiệp “không bị xử phạt vi phạm hành chính về chậm nộp hồ sơ khai thuế” đối với các hồ sơ phải nộp lại do thay đổi kỳ tính thuế. Các hồ sơ khai thuế theo tháng nộp lại sẽ được xác định là hồ sơ thay thế cho hồ sơ khai thuế theo quý đã nộp trước đó.
Cơ quan thuế khuyến nghị người nộp thuế căn cứ tình hình thực tế, đối chiếu với quy định pháp luật hiện hành hoặc liên hệ trực tiếp cơ quan thuế quản lý để được hướng dẫn cụ thể về cách xử lý và việc tính tiền chậm nộp (nếu có).